No hay unanimidad acerca de los motivos por los que los Reyes Católicos decidieron introducir en España la inquisicion. Los investigadores han sido muchas posibles razones:
El establecimiento de la unidad religiosa. Puesto que el objetivo de los Reyes Católicos era la creación de una maquinaria estatal eficiente, una de sus prioridades era lograr la unidad religiosa. Además, la Inquisición permitía a la monarquía intervenir activamente en asuntos religiosos, sin la intermediación del Papa.
Debilitar la oposición política local a los Reyes Católicos. Ciertamente, muchos de los que en la Corona de Aragón se resistieron a la implantación de la Inquisición lo hicieron invocando los fueros propios.
Acabar con la poderosa minoría judeoconversa. En el reino de Aragón fueron procesados miembros de familias influyentes, como Santa Fe, Santángel, Caballería y Sánchez. Esto se contradice, sin embargo, con el hecho de que el propio Fernando continuase contando en su administración con numerosos conversos.
Financiación económica. Puesto que una de las medidas que se tomaba con los procesados era la confiscación de sus bienes, no puede descartarse esa posibilidad.